A cidade de Nísia Floresta está sob uma das maiores bacias hidrográficas do Estado, o que lhe favorece com a abundância em água. No território nisiaflorestense são encontradas diversas nascentes e importantes rios como o Rio Pirangi, Rio Trairi, Rio Ararai, Rio Despejo, Rio Boacica, Rio Pium e tantos outros riachos que surgem na época das chuvas.